"A big computer, a complex algorithm and a long time does not equal science." -- Robert Gentleman
giovedì 29 ottobre 2009
Bioconductor 2.5 is out
For all bioinformaticians and R users out there: the Bioconductor project for the analysis and comprehension of genomic data is out! A lot of interesting new stuff! See the full announcement here.
Ciao! Non so in che area lavori tu, ma hai usado questo Bioconductor? A me sembra un po'difficile di installare... ho perso un sacco di tempo a cercare di installarlo e poi ho scoperto che anche se ha un sacco di utilità, serve quasi soltanto per microarray. È davvero cosí? È un peccato se è solo per microarray... sarebbe bello si potesse usare per altri marcatori genetici. :) Saluti e
Ciao, Bioconductor è un progetto per l'analisi di dati di genomica in generale (principalmente microarray ma non solo), ti consiglio vivamente di esplorare il sito http://www.bioconductor.org/ a partire da qui: http://www.bioconductor.org/overview/ Troverai un sacco di informazioni che ti permetteranno di capire se questo progetto è utile o meno al tuo lavoro. Dai inoltre un'occhiata al sito http://cran.r-project.org/ sezione packages per una raccolta molto ampia di software per R.
Ciao! Conosco il sito di bioconductor. Cercavo utilità per genetica di popolazioni ed AFLP ma non ho trovato cose molto utili... :( però lo so che è un buon progetto. :)
Questi giorni ho visto molti package che mi servono o di cui ho preso qualche utilità che mi serviva. "Adegenet" è uno di quelli che trovato, anche "Ape" ed "Ade4". "Pegas" è un altro che mi è piaciuto, pero mi sa che è ancora in sviluppo :) Solo volevo farti sapere quel che pensavo su Bioconductor... :) fai parte di quel progetto per caso? NOn te la prendere con me :) haha
Cara Consu, Non volevo certo muoverti critiche :-) Cercavo solo di suggerire qualche alternativa adatta alle tue particolari richieste, ma vedo che a riguardo sei ben informata. Non faccio parte (PURTROPPO) del progetto Bioconductor, mi occupo di analisi bioinformatiche (microarray e altro) in una società italiana, quindi, dal mio punto di vista, Bioconductor è uno strumento fondamentale.
Capisco! Certo, sicuramente per te è stupenda. Io quando l'ho vista ho pensato che lo sarebbe ancher per me ;) ma no... :) saluti, buon fine di settimana
Ciao! Non so in che area lavori tu, ma hai usado questo Bioconductor? A me sembra un po'difficile di installare... ho perso un sacco di tempo a cercare di installarlo e poi ho scoperto che anche se ha un sacco di utilità, serve quasi soltanto per microarray. È davvero cosí? È un peccato se è solo per microarray... sarebbe bello si potesse usare per altri marcatori genetici. :) Saluti e
RispondiEliminaCiao, Bioconductor è un progetto per l'analisi di dati di genomica in generale (principalmente microarray ma non solo), ti consiglio vivamente di esplorare il sito http://www.bioconductor.org/ a partire da qui:
RispondiEliminahttp://www.bioconductor.org/overview/
Troverai un sacco di informazioni che ti permetteranno di capire se questo progetto è utile o meno al tuo lavoro.
Dai inoltre un'occhiata al sito http://cran.r-project.org/ sezione packages per una raccolta molto ampia di software per R.
HIH
Ciao! Conosco il sito di bioconductor. Cercavo utilità per genetica di popolazioni ed AFLP ma non ho trovato cose molto utili... :( però lo so che è un buon progetto. :)
RispondiEliminaForse il package adegenet ti può essere di qualche aiuto:
RispondiEliminahttp://adegenet.r-forge.r-project.org/
adegenet is a R package dedicated to the handling and multivariate analysis of genetic markers.
Grazie Paolo,
RispondiEliminaQuesti giorni ho visto molti package che mi servono o di cui ho preso qualche utilità che mi serviva. "Adegenet" è uno di quelli che trovato, anche "Ape" ed "Ade4". "Pegas" è un altro che mi è piaciuto, pero mi sa che è ancora in sviluppo :)
Solo volevo farti sapere quel che pensavo su Bioconductor... :) fai parte di quel progetto per caso? NOn te la prendere con me :) haha
Cara Consu,
RispondiEliminaNon volevo certo muoverti critiche :-)
Cercavo solo di suggerire qualche alternativa adatta alle tue particolari richieste, ma vedo che a riguardo sei ben informata.
Non faccio parte (PURTROPPO) del progetto Bioconductor, mi occupo di analisi bioinformatiche (microarray e altro) in una società italiana, quindi, dal mio punto di vista, Bioconductor è uno strumento fondamentale.
Capisco! Certo, sicuramente per te è stupenda. Io quando l'ho vista ho pensato che lo sarebbe ancher per me ;) ma no... :) saluti, buon fine di settimana
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