giovedì 29 ottobre 2009

Bioconductor 2.5 is out

For all bioinformaticians and R users out there: the Bioconductor project  for the analysis and comprehension of genomic data is out! A lot of interesting new stuff! See the full announcement here.

7 commenti:

  1. Ciao! Non so in che area lavori tu, ma hai usado questo Bioconductor? A me sembra un po'difficile di installare... ho perso un sacco di tempo a cercare di installarlo e poi ho scoperto che anche se ha un sacco di utilità, serve quasi soltanto per microarray. È davvero cosí? È un peccato se è solo per microarray... sarebbe bello si potesse usare per altri marcatori genetici. :) Saluti e

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  2. Ciao, Bioconductor è un progetto per l'analisi di dati di genomica in generale (principalmente microarray ma non solo), ti consiglio vivamente di esplorare il sito http://www.bioconductor.org/ a partire da qui:
    http://www.bioconductor.org/overview/
    Troverai un sacco di informazioni che ti permetteranno di capire se questo progetto è utile o meno al tuo lavoro.
    Dai inoltre un'occhiata al sito http://cran.r-project.org/ sezione packages per una raccolta molto ampia di software per R.


    HIH

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  3. Ciao! Conosco il sito di bioconductor. Cercavo utilità per genetica di popolazioni ed AFLP ma non ho trovato cose molto utili... :( però lo so che è un buon progetto. :)

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  4. Forse il package adegenet ti può essere di qualche aiuto:

    http://adegenet.r-forge.r-project.org/

    adegenet is a R package dedicated to the handling and multivariate analysis of genetic markers.

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  5. Grazie Paolo,

    Questi giorni ho visto molti package che mi servono o di cui ho preso qualche utilità che mi serviva. "Adegenet" è uno di quelli che trovato, anche "Ape" ed "Ade4". "Pegas" è un altro che mi è piaciuto, pero mi sa che è ancora in sviluppo :)
    Solo volevo farti sapere quel che pensavo su Bioconductor... :) fai parte di quel progetto per caso? NOn te la prendere con me :) haha

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  6. Cara Consu,
    Non volevo certo muoverti critiche :-)
    Cercavo solo di suggerire qualche alternativa adatta alle tue particolari richieste, ma vedo che a riguardo sei ben informata.
    Non faccio parte (PURTROPPO) del progetto Bioconductor, mi occupo di analisi bioinformatiche (microarray e altro) in una società italiana, quindi, dal mio punto di vista, Bioconductor è uno strumento fondamentale.

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  7. Capisco! Certo, sicuramente per te è stupenda. Io quando l'ho vista ho pensato che lo sarebbe ancher per me ;) ma no... :) saluti, buon fine di settimana

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